В соответствии с Уставом, управление Лицеем осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Органами управления Лицея являются: Директор Лицея, Наблюдательный совет Лицея, Конференция Лицея, Общее собрание трудового коллектива Лицея, Педагогический совет Лицея, Управляющий совет Лицея, Родительские собрания (общее и классное), Ученический совет Лицея.
МАОУ "Лицей № 62" не имеет структурных подразделений